Outre ce 1er choix Sécurité, le Honda Pilot a également reçu de la NHTSA la cote de sécurité 5 étoiles pour les collisions frontales et latérales.

Toutes les nouvelles camionnettes de Honda construites depuis 2007 ont reçu cette cote 5 étoiles : le Pilot 2009, le CR-V 2008, l'Element 2208, l'Odyssey 2008 et la Ridgeline 2008.

Pour mériter un tel honneur, le Honda Pilot comprend les systèmes de sécurité suivants : le contrôle électronique de la stabilité, l'antipatinage, les freins ABS, des rideaux gonflables aux trois rangées de sièges, des capteurs de capotage, des coussins gonflables frontaux et latéraux et un système novateur qui détecte la position du passager avant.